Au Congo, le séquençage génomique de la COVID-19 au service d’autres maladies

« Grâce au séquençage génomique, les autorités sont informées quasi immédiatement de la circulation de variants de la COVID-19 dans le pays », explique la professeure Francine Ntoumi, présidente de la Fondation congolaise pour la recherche médicale (FCRM), basée dans la capitale Brazzaville. « Désormais, nous voulons utiliser ces capacités de séquençage pour surveiller d’autres pathologies. »

Deux ans après le début de la pandémie, la République du Congo commence en effet à mettre ses capacités de séquençage génomique développées pour lutter contre la COVID-19 au service de la surveillance d’autres pathogènes, comme ceux responsables du paludisme, de la tuberculose ou de maladies diarrhéiques chez les jeunes enfants.

Un protocole de séquençage a déjà été établi par la FCRM pour décrire les gènes du staphylocoque responsables de la résistance de la bactérie aux antibiotiques, ce qui permettra de mieux soigner les patients. « Nous devrions avoir un échantillonnage suffisamment significatif d’ici la fin de l’année. Nous pourrons alors adapter les traitements afin de contourner cette résistance », se réjouit le Dr Armel Btachi Boyou, médecin chercheur à la Fondation et à la clinique municipale Albert Leyono, le centre spécialisé dans la prise en charge des cas graves COVID-19 à Brazzaville. Cette même approche sera ensuite également appliquée à une batterie de parasites responsables de maladies répandues au Congo.

« Le développement du séquençage génomique au Congo a mis en lumière l’importance de la recherche, de disposer de laboratoires en biologie moléculaire et d’un personnel formé, pour lutter efficacement contre les maladies », souligne la professeure Francine Ntoumi. Le pays produit désormais ses propres séquences génomiques du virus à l’origine de la COVID-19, alors qu’auparavant les échantillons étaient envoyés à l’étranger, ce qui était long et parfois coûteux. « Surtout, nous obtenons maintenant des résultats en temps réel . Nous pouvons ainsi décrire la situation chez nous, sans extrapoler en fonction de ce qui se passe ailleurs et les autorités peuvent prendre des décisions basées sur l’évidence locale », constate la scientifique.

Entre 2020 et 2022, la Fondation congolaise pour la recherche médicale, seul organisme possédant des capacités de séquençage en République du Congo, a multiplié par quatre sa capacité séquençage quotidienne, passant de 24 à 96 séquences génomiques par jour. Une collaboration avec l’ambassade d’Allemagne en République du Congo a permis à la FCPM de mettre son matériel aux normes, d’acquérir des réactifs nécessaires au séquençage génomique et d’envoyer deux de ses sept chercheurs  suivre une formation de trois mois à l’université de Tübingen, fin 2021. L’équipement dont disposait la fondation a pu ensuite être exploité au maximum, ce qui n’était pas le cas auparavant, faute de personnel formé.

Pendant les deux premières années de la pandémie de COVID-19, les informations fournies par le séquençage génomique des variants en circulation dans le pays ont ainsi aidé les responsables politiques à comprendre la circulation des variants, à adapter les mesures de riposte en fonction de leur contagiosité et à anticiper les vagues d’infections.

« En permettant de connaître les variants qui circulent, le séquençage offre la possibilité d’une riposte précise et d’optimiser l’utilisation des ressources, ce qui est primordial pour des pays où ces ressources sont limitées », confirme le Dr Gilbert Ndziessi, Coordonnateur technique du Comité national de riposte à la COVID-19, mis en place par le Ministère de la Santé. « Lorsque le variant Delta, plus létal que les autres, a été détecté au Congo, nous avons orienté nos activités de riposte vers les hôpitaux pour une prise en charge optimale des patients. Avec le variant Omicron, nous nous sommes concentrés sur le travail de sensibilisation auprès des communautés. »

Les capacités de séquençage génomique du pays ont encore besoin d’être développées et il arrive que les réactifs nécessaires au séquençage des échantillons ne soient pas toujours disponibles. « Il est vrai que nos capacités de séquençage restent limitées, mais elles sont suffisamment significatives pour savoir quels variants circulent et lesquels sont majoritaires dans le pays ainsi que ceux infectant nos patients», nuance le Dr Armel Batchi Boyou, l’un des deux scientifiques formés au séquençage en Allemagne.

Par ailleurs, le Laboratoire national de santé publique devrait aussi prochainement bénéficier d’un soutien de la Banque mondiale afin de développer ses propres capacités de séquençage génomique.

Soutenu par l’Organisation mondiale de la Santé (OMS), la FCRM met actuellement en œuvre un projet de renforcement des capacités nationales en termes d’essais cliniques, avec pour objectif de préparer le terrain à l’introduction des nouveaux traitements contre la COVID-19.

« Le renforcement des capacités de séquençage génomique participe à divers niveaux à l’autonomisation du pays en termes de surveillance des maladies et de prise en charge des patients, donc de lutte contre les épidémies », souligne le Dr Lucien Manga, Représentant de l’OMS en République du Congo. Depuis 2020, l’OMS accompagne la FCRM dans les actions de surveillance génomique et de renforcement des capacités nationales, et nous sommes heureux de cette importante collaboration ».